Tại trung tâm sở thú New York, sư tử Alex, ngựa vằn Marty, hươu cao cổ Melman và hà mã Gloria kết bạn với nhau và chúng cũng là ngôi sao của các sô diễn. Rồi đến khi một con thú bị biến mất trong chuồng, thì ba con khác cũng thoát ra để tìm con thú bị lạc. Chúng đã đi theo chiếc thuyền đến tận một hòn đảo của Madagascar - Châu Phi. Chiếc tàu bị lật ngoài biển, tất cả các con thú bị giam cầm đã nếm trải thế nào là môi trường hoang dã....

Bộ phim kể về hành trình trưởng thành và cuộc đối đầu của bốn chú chim cánh cụt lạc đàn Skipper, Kowalski, Private, Rico với gã bạch tuộc Dave gian ác, nhằm chống lại âm mưu kinh khủng ẩn sau kế hoạch báo thù. Đồng hành cùng biệt đội chim cánh cụt đáng yêu còn có sự góp mặt của những người bạn thông minh của biệt đội Gió phương Bắc....

Alex - sư tử dũng cảm, Marty - ngựa vằn tinh nghịch, Melman - hươu cao cổ nhút nhát, và Gloria, hà mã cá tính, hợp tác cùng bốn chú chim cánh cụt thông minh Skipper, Kowalski, Rico và Private, bắt đầu hành trình đầy thử thách để trốn khỏi Vườn thú Trung tâm New York. Sau nhiều gian nan, họ cuối cùng cũng đặt chân đến Madagascar, nơi họ khám phá thế giới đầy màu sắc của những chú vượn cáo vui vẻ....

Đừng ngạc nhiên khi những chú chim cánh cụt bạn yêu trở thành những siêu điệp viên gan dạ. Họ sẽ dũng cảm chiến đấu chống lại âm mưu đen tối của tiến sĩ Octavius....